Fast and flexible analysis of linked microbiome data with mako
Sam Röttjers en Karoline Faust
In dit artikel introduceer ik een framework geschreven in Python om makkelijk microbiologische data te integreren in Neo4j databases.
Null-model-based network comparison reveals core associations
Sam Röttjers, Doris Vandeputte, Jeroen Raes en Karoline Faust
Hier presenteer ik een applicatie ontwikkeld in Python om meerdere microbiologische netwerken uit verschillende datasets te vergelijken. Deze applicatie kan daarmee bijvoorbeeld zien of de netwerken meer of minder op elkaar lijken dan we verwachten.
Earth microbial co-occurrence network reveals interconnection pattern across microbiomes
Bin Ma, Yiling Wang, Shudi Ye, Shan Liu, Erinne Stirling, Jack A. Gilbert, Karoline Faust, Rob Knight, Janet K. Jansson, Cesar Cardona, Sam Röttjers en Jianming Xu
Dit artikel beschrijft de structuur van wereldwijde netwerken van microben. Ik heb voornamelijk feedback gegeven over de methode gebruikt in het artikel.
manta - a clustering algorithm for weighted ecological networks
Sam Röttjers en Karoline Faust
Hier beschrijf ik een algoritme wat ik heb geschreven voor het clusteren van microbiële netwerken. Ik meet ook de effectiviteit van andere algoritmes op computer-gegenereerde data.
From hairballs to hypotheses - biological insights from microbial networks
Sam Röttjers en Karoline Faust
Dit artikel is een uitgebreide review over microbiële netwerken. Het beschrijft de methodologie, hoe de analyse in zijn gang gaat en valkuilen bij het gebruik van deze netwerken.